Cuando asumió la presidencia tomó la decisión de poner punto final al modelo neoliberal que se implantó en la década de los 90 y explotó con la crisis de 2001 que terminó con el gobierno de la Alianza.
Entre los principales logros de su gestión se pueden destacar la reducción de la desocupación a un dígito, de los índices de pobreza e indigencia y la recreación del mercado interno que había sido devastado por el modelo neoliberal.
Uno de los puntos centrales de esa política fue el desendeudamiento con el Fondo Monetario Internacional que dio pie a una frase que repetía de forma permanente en sus discursos: “Le dijimos chau al Fondo”.
El gobierno de Néstor Kirchner reformuló el Consejo de la Magistratura y puso especial énfasis en la defensa de los derechos humanos, que se tradujo en la derogación de las leyes de Punto Final y Obediencia Debida y los indultos que hasta ese momento garantizaban la impunidad de los represores de la última dictadura.
Fue así que se avanzó en los juicios a los represores y se transformó la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA), que funcionó como campo de concentración y exterminio durante la dictadura, en un espacio de la memoria.
Uno de los símbolos de esa política fue cuando el ex presidente ordenó quitar del Colegio Militar los cuadros de los dictadores Jorge Rafael Videla y Reynaldo Bignone, quienes habían ejercido la presidencia del país durante el terrorismo de Estado.
La gestión de Néstor Kirchner se abrió también al resto de los países latinoaericanos fortaleciendo los lazos que habían sido abandonados durante muchos años. La prueba de este avance fue el fortalecimiento del Mercosur y la consolidación de la Unasur, cuya secretaría general estaba ejerciendo.
Kirchner logró, junto a otros mandatarios latinoamericanos, desbaratar la intención del ex presidente estadounidense, George W. Bush, de implantar el ALCA en la región durante la Cumbre de las Américas que se realizó en la ciudad de Mar del Plata.